晚上赵平平敲了井本的门，说有急事来找他，井本拿着枪开门，一开门就被高慕青用枪顶住脑袋，李少飞夺走了他的枪，开始了对他的质问：被他藏在木箱子里埋在郊外的是不是小豆子？笔记本在哪儿？井本坚称自己来上海的目的是治病救人，赵平平拿着他给小豆子的糖反驳他，几人把井本带走。
李存仁听说井本被李少飞等人挟持走了，心想大事不好，这事要是被日本人知道了，他李家恐怕要遭灭门之灾了。宁波很快就有事情发生，美智子安排吴猛到上海。
王以山秦海东和陈小凡三人出现在码头，进了船舱，王以山验完货，程老板出了船舱说完事了，日本人正要动手，却突然被干掉，船驶离码头，原来程老板不是别人，是新四军潜伏在宁波多年的地下人员，老程代表前线战士谢谢王以山他们。现在任务完成老程该回部队了，几人商量把药弄出去不容易，还有一条旱路。而许仙姑的来历，据他们所知道的，只有许仙姑在上海得罪人了，才跑到宁波来另起炉灶。美智子潜伏的人追到岸边，气急败坏。
船在另一边靠岸，王以山三人告辞，老程带着药离开，小凡告诉王以山，少飞来电，在上海抓到一个搞细菌战的日本医生，王以山决定连夜回上海。美智子在大佐面前低头，不敢看他眼睛。大佐不动声色，只在出门上车的时候嘱咐美智子这次行动完全是美智子的个人行为，与大佐没有关系，他事先也没有得到任何报告，那批药是她通过个人渠道私自运出去的，美智子应了。大佐交代她两件事情马上去办，第一，找到井本的笔记本，上面记录了实验数据，第二，对存仁医院的李存仁马上去调查！
美智子带人来到和平歌舞厅，进来就掀桌子打人，吴猛正抽大烟，美智子拿着大烟打他，大骂他和姓程的合起伙来骗他，吴猛声声求饶，美智子拿出枪，说中国人全都该死，接着朝吴猛腿上打了一枪！吴猛苦求着别杀他别杀他，让他干什么都行。
王以山来审问井本，问他笔记本到底在什么地方，以及来上海的目的，井本只承认小孩是他杀的。王以山告诉井本，日本人相信人战死后可以升到天堂，但是天堂是善良人的归宿，绝对没有他们的位置。他们对付中国人的那些手段他都会，如果井本感兴趣会让他尝个遍。如果还是什么都不说，保证会让他生不如死。
审讯完后陈小凡问王以山为什么不直接杀了井本？王以山说他们现在要知道的是日本的行动计划，他猜测不止是细菌战这么简单，背后一定有个巨大的阴谋。采集当地人群样本，很有可能是在华东战场使用细菌武器。获取他的行动计划至关重要。现在不能让他死。
秦海东带程老板的账房的来到住处，这账房走路比别人轻，十分厉害。账房告诉他们程老板走时交代他两件事情，一是给他们找个住处，二是把张纸条交给王以山，王以山打开纸条。
上海日本人已开始全面封锁，英国法国开始抗议。王以山和李少飞爬墙进了存仁医院，存仁医院已被搬空，王以山来到井本实验室查看，最终在床底下的位置发现了笔记本，此时日本人敲响门，王以山拉着李少飞从楼上窗户跳下去。李少飞一瘸一拐。美智子进屋发现大开的窗户，看到了两人，也从窗户跳了下来，然后带人追了出去。
一路围追堵截，加上李少飞腿受伤，两人躲在巷子后，被逼入绝境。美智子告诉王以山放下武器走出来，给他最人道的待遇，王以山嘱托他掩护李少飞一定跑出去，王以山答应现在就出去让他活命，岂知王以山突然开枪，正在要开第二枪，秦海东的车开过来，直接撞向日本人，接走了两人。回来后，王以山发现笔记本是空白的，写字的一页已被撕掉，
美智子告诉大佐在存仁医院发生了意外，有了人员伤亡，而笔记本也没有找到，大佐说美智子是个愚蠢的女人，因为他们的一再失败，外务省失掉了很多特权，军部派来的村上马上就会上任，美智子就滚蛋吧。美智子请求，村上是司令部派来监视他们的，再给她一次机会，大佐也考虑过这个问提，问她还有几天时间来证明自己，如果还是现在这样，会立即请她去她该去的地方。
秦海东审讯，井本仍不肯说笔记本下落。高慕青现在担心的是他把所有的资料都存在脑子里。王以山来到肖记布庄见肖老板，说了暗号后，肖请他进屋说话，代表前线战士跟他们道谢，肖简单介绍自己，他和老程一起南下，他在上海，但一直没有展开工作，遵照上级领导的指示，他作为后备力量一直潜伏，这次老程不得已暴露自己，经过上级领导批准，肖立即接替他的工作，这个肖记布庄，就是江浙沪的联络站。肖交代，每周四下午王以山来这里，他向王以山转达上级的最新指示，门口牌子上绑着一块红绸子，如果王以山发现这块红绸子不见了，说明这里已经暴露了。
秦海东领了李存仁来见井本，井本看到李存仁后眼神躲闪，李存仁让井本把头抬起来，问他为什么要这样做，井本向李存仁道歉，说他是一名军医，所做一切都是职责所在。李存仁大骂他是个混蛋，跟他说的治病救人都是谎言，李存仁没有想到他是一个杀人不眨眼的恶魔。井本却说李存仁天真，日本就是要打赢中国，过程不重要，重要的是取得最后的胜利。李存仁宣布，两人今日一见之后再无情分。
