杰米眼见着海豚号扬帆远去，焦急之中命令船员紧追其后，却被船长雷恩斯制止。原来两位船长之间早已达成默契，海豚号船长伦纳德要尽快返回牙买加港口，以免更多的船员感染伤寒。阿耳特弥斯号则继续向西南航行前往西印度群岛，伦纳德会安全的将克莱尔送到那里。雷恩斯不愿得罪皇家海军，杰米想反抗却又寡不敌众。在一场实力悬殊的对峙后，杰米只能接受再次失去克莱尔的现实。
克莱尔也是身不由己。幸好船长伦纳德对她言听计从，专门委派侍官庞德协助克莱尔，任何对克莱尔不敬的水手都将受到责罚。伤寒是通过排泄物传染，克莱尔要求清理船舱各个地方，让患者有足够的空间躺卧，不要相互接触。这个要求引发其他健康船员的不满，但在庞德的压力下，不得不遵从。
庞德年青好学，从克莱尔讲授的知识里有所领悟，安排人手从朗姆酒中蒸馏出纯酒精用于清洁杀菌。正好有两个因非法蒸馏威士忌被投入爱丁堡监狱，出狱后到海豚号工作的船员，他们的副业帮上了大忙。可这个决定让一些嗜酒如命的船员颇有微辞，如果没有庞德在场，只怕会当场拒绝。庞德年仅14岁却有7年航海史，克莱尔很喜欢这个聪明能干的小伙子，在私下场合更喜欢叫他的名字，埃利阿斯。
克莱尔查阅了前任随船医生的纪录，发现首例病人出现在木工团队。木工都是最底层甲板用餐，整个团队只有一人幸存。名叫乔·霍华德的木工没有出现任何感染的症状，身体非常健康。克莱尔意识到此人就是病源所在，他现在被分派到厨房，所以疫情才无法控制。不管厨子科斯沃思如何抗议，伦纳德船长还是命人将乔·霍华德暂时收押。这对伦纳德来说是场赌博，如果疫情仍未有所缓解，那些心怀怨恨的船员必定会借机闹事。
又有人倒下了，这一次是在船上养羊，负责提供羊奶的约翰森下士。克莱尔赶忙下到底舱，却发现根本不是伤寒的症状。约翰森身旁的空瓶里残留着小半瓶纯酒精，这家伙分明是偷喝了消毒用酒精导致的酒精中毒，克莱尔忍不住诅咒了几句。将约翰森的身体摆成侧卧状后，克莱尔让庞德守在他身边，以防被呕吐物堵住气管。
刚要回顶层甲板，克莱尔突然看到盖在角落货物上的一面旗帜。那是葡萄牙国旗，船员只记得前两天登上过一艘葡萄牙军舰寻求医生，至于是不是杰米在追寻的布鲁加号，就需要查阅船长的航海日志。克莱尔赶紧敲开船长室的舱门，看到舱内空无一人。航海日志就放在桌上，她翻到两天前，失望的看到那艘葡萄牙船是“猎人号”。可当她随手往后翻，愕然发现“杰米·弗雷泽”的名字出现在纸页上。
克莱尔待要继续看下去，耳中听到了开门声。开门进来的是厨子科斯沃思，他奉命来取船长的烟斗。科斯沃思一直对克莱尔怀恨在心，先是让他烧开水，又拿走一半朗姆酒，之后又把他唯一的帮手乔·霍华德关了起来。不过克莱尔见识过各种各样的危险人物，对科斯沃思的威胁根本不放在眼里。她现在担心的不是这个厨子，而是伦纳德认出了杰米。当务之急是必须找到日志上记载的，向船长透露杰米身份的船员哈利·汤普金斯。
找到哈利·汤普金斯最快的方法，就是叫庞德传话，让哈利自己来见克莱尔。没想到水手们听说医生要见哈利，都把他当成第二个传染源，当即就把他押了过来。一看到这个独眼水手，克莱尔立刻想到闯入印刷厂的独眼人。哈利也认出了克莱尔，他不否认自己曾是珀西瓦里爵士的手下。那晚找到杰米印刷的反动小册子并没有让他升职，反而因在大火中破相被送到了这艘满是疫情的军舰上。而珀西瓦里爵士在薄荷酒桶里找到了约翰·巴顿的尸体，英格兰已针对杰米的叛国罪和谋杀罪发布了通缉令。等船到了牙买加，船长伦纳德就会向上面提交报告，捉拿阿耳特弥斯号上的杰米。
克莱尔以第二传染源的名义将哈利关了起来，但她自己现在就是诱饵，伯纳德只等着杰米上钩。无法通知杰米，让她焦虑万分。在去探望约翰森情况时，约翰森太太看出了克莱尔的心事。为了答谢克莱尔的救命之恩，约翰森太太愿意帮忙。约翰森太太的英语并不熟练，克莱尔不清楚她要怎么做，只能礼貌性的表示感谢，没有当真。
三天过去了，疫情得到控制，没有死亡的病人，没有新病人。船舱里的病人也不在痛苦之中哭天喊地，而是安静的熟睡着。这下船员们心服口服，连科斯沃思也改变了态度。甲板上又响起水手们的歌声，看到克莱尔，大家纷纷致敬。但庞德却不幸病倒，等克莱尔发现时已无力回天。
当克莱尔望着海面为庞德默哀时，约翰森和太太兴奋的跑上甲板。羊有着特别的能力，能闻到陆地的味道。明天上午就能到达达大特克岛，到时能在岛上补充淡水，羊也能上岸吃草。克莱尔终于明白了约翰森太太的意思，她能帮助克莱尔逃出海豚号去寻找杰米。
第二天，克莱尔跟着约翰森太太上岸放羊。在约翰森太太的掩护下，她悄悄翻过海岸的丘陵，却被早有防备的伦纳德堵个正着。鉴于克莱尔对海豚号的功绩，伦纳德也不再隐瞒。他开诚布公的告诉克莱尔，不会让克莱尔有机会去警告杰米。虽然内心很纠结，但在职责和恩情面前，他只能选择前者。
而呆在阿耳特弥斯号上的杰米被船长雷恩斯关在了货舱。他几次三番命令费格斯偷取钥匙，然后一起发动哗变。但费格斯为了玛沙利的安全，并未从命。在即将抵达西印度群岛时，玛沙利说服雷恩斯释放杰米，以增加人手躲避近海暗礁。杰米明白了玛沙利的用意，在上甲板前，他祝福了费格斯和玛沙利。与此同时，海豚号上的克莱尔在约翰森太太的帮助下，趁着夜色跳进冰冷的海水。她的性命都依托在两只简陋的浮球上，希望洋流能把她带到最近的小渔村，科伯恩。
