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阿衡之死令黄药师伤心欲绝,遂决定与阿衡一同离开桃花岛,周伯通见状,笑谑黄药师与阿衡一同寻死,更说出郭靖早已背熟九阴真经,黄药师闻言大怒。原来黄药师发誓,凡懂九阴真经者死,因而往杀郭靖,郭靖不知情,大感莫名其妙,后周伯通将经书撕毁,终冰释干戈,但黄药师不许黄蓉跟随郭靖等人离开桃花岛。黄蓉思念郭靖,遂毅然向黄药师辞行,却见黄药师与阿衡同在冰牢内,黄药师已一头白发,而母亲已死去,大惊之下,追问因由,黄药师向她明言一切。原来十多年前,东邪、西毒、南帝、北丐、中神通为夺九阴真经,在华山论剑,结果真经落在中神通王重阳手中,多年后,重阳知寿缘已尽,恐真经落在坏人手中,命师弟周伯通将真经上、下册分别收藏,伯通选择桃花岛为藏经之地,药师甚想得到经书,遂与伯通打赌,使阿衡得以背诵经文,然后诈称经书乃伪本,伯通信以为真,将经书焚毁,而阿衡则为黄药师将经文默出,岂料经书被梅超风、陈玄风偷去,黄药师恳求阿衡再之背写,但阿衡苦思亦不能将全部经文背出,更因辛劳过度,终于产下女儿后死去,药师便为阿衡建造冰牢,十多年来为之搜罗天下奇药医治,可惜仍是徒劳无功。