在翁同酥旧居处，张謇偶遇熊希龄，谈话间提出自己主政工商的四条措施。熊希龄表示除第一条裁员缓行之外，其他内容自己都支持。为此，张謇决定先办第一条，并召开会议宣布将农林部、工商部合并为一部，改名农商部，八个司改为农林司、工商司、渔牧司、矿政局，三司一局，留用总长、次长、参事、主事，仅留一百多人，裁员二百多人，惹得众人纷纷不满。
1913年，张謇出任农商部总长后，开始着力推进淮河治理工程。彼时，淮河水患频发，治理成为张謇任职后的重要任务之一，学生许振毕业后就兼任他的私人秘书。因水利人才匮乏，张謇计划开办专业学校，从国家应急资金和大生企业等渠道筹集经费。
张謇来到大总统府，向熊希龄讨要治理淮河水患的救助款，熊希龄推脱财政困难，索性破罐破摔地同意张謇去向美国人借款。张謇提醒他日本企图通过借款实现工业日本、农业中国的计划，告诫其借款不可丧失主权，并提交了一份《筹划利用外资振兴实业办法呈》，熊希龄答应时间提交给袁世凯。
1914年1月10日，张謇到全国水利局就职任事，正当他尽力履职时，袁世凯竟下令解散国会，停止议员职务，各界愤慨。张謇看了刘垣拿来的报纸，得知袁世凯身披龙袍复辟帝制，不满对方欲实行专制，逆潮流而上，便毅然决然地辞职回了南通。
临走的时候，张謇请了熊希龄和尧俞来家里吃饭，三人同聚一桌。张謇明确表态自己此番前来没有做官的意愿，一不为总理，二不为大总统，只为自愿一生所追求的强国谋路、富民竭力，此愿能达就达，不能达则止。
回到南通后，姜孟生带来纱厂订单暴涨的好消息，令他很是高兴。张謇依旧要求兴办教育，建立河海工程学校。因为张謇数次呈文申请财政拨付都无答复，他想到一个解决燃眉之急的折中办法，每年的经费先由江苏、浙江、山东直隶四省均摊，待中央财政好转后再给学校拨款。
余觉携妻沈寿流落津门，生计无着，张謇派人送去银钱米粮，又安置住处，解了一时之急。如今沈寿在女工传习所担任教习，张謇和吴道愔主动来找沈寿，称另有一桩心事要托付，事因美国政府发来了巴拿马万国博览会的邀请函，这种世界性的机会是相当难得，更何况沈寿在意大利斩获殊荣，所以想让她送一幅作品过去，肯定能获得满堂喝彩，彻底发扬了苏绣的名声。
尽管开幕是在明年的年初，可两个月后就要有作品运往美国，沈寿想到了自己有一幅耶稣像，便打算借此机会抓紧时间赶制。接连数日，沈寿日夜不眠，直到作品完成后，身体扛不住病倒。看到《耶稣像》的成品，张謇等人惊叹其生动传神，便让余觉将《耶稣像》送至巴拿马，余觉欣然同意。
美国驻华公使芮恩施代表红十字会前来与张謇洽谈，直言最近欧洲战争爆发，造成世界金融动荡，波及美洲，红十字的主要工作将会转移到欧洲，没办法再与中国合作。张謇对于芮恩施擅自取消的行为非常愤怒，芮恩施只能对此理解并遗憾。张謇当即去找袁世凯，检举匪患横行，要求他们为民除害，为国治河。
