郭靖和黄蓉在街上寻到柯镇恶，柯镇恶一见黄蓉就想杀了对方，郭靖为了护着黄蓉只能出手阻拦，柯镇恶大骂郭靖忘恩负义、欺师灭祖，洪七公赶来此处为郭靖求情，柯镇恶告诉郭靖如果他还念着江南七怪的恩情，就杀了黄药师和黄蓉，若不肯师徒恩义就此一刀两断。柯镇恶急火攻心之下吐血昏倒，郭靖连忙将师父带到客栈休息。
洪七公让郭靖和黄蓉回桃花岛问清事情真相，柯镇恶这里有他和周伯通看顾，郭靖临别之前将段皇爷翻译的九阴真经交给洪七公，让洪七公修炼此功来修复奇经八脉恢复功夫。
郭靖和黄蓉来到桃花岛，在黄蓉母亲的墓地发现了江南五怪其他师父们的遗体，黄蓉遍寻岛上没有发现爹爹黄药师的踪迹，郭靖怀疑是黄药师用九阴白骨爪杀了他的师父们，黄蓉认为黄药师如今生死未知，郭靖凭什么牵累自己爹爹。黄蓉希望郭靖能冷静一些，待找到黄药师之后再下定论。
情绪奔溃的郭靖想要亲手将师父们埋葬，恰在此时他听到是四师父的声音，疯癫的四师父临终前恢复神志，本想告诉郭靖谁是害死他们的凶手，但最终未能给出完整信息，郭靖却认定杀人凶手就是黄药师。郭靖虽然知道黄蓉无辜，但是如今她是自己的仇人之女，郭靖无法再和黄蓉在一起。
黄蓉拿出岛上的醉生梦死酒，让郭靖喝过酒后忘记自己，去寻她爹爹报仇，甚至回草原做金刀驸马。郭靖表示如果有一天自己死于黄药师之手，也希望黄蓉不要难过。郭靖埋葬好师父们，与黄蓉断情打算就此离开桃花岛。郭靖离岛时碰上全真教等人，全真教等人得知江南五怪惨死桃花岛，也准备去寻黄药师报仇。
全真教广发英雄帖约黄药师一战，黄药师得信后来赴约，但是全真七子压根不是黄药师的对手，柯镇恶也来为兄弟们报仇，洪七公拦住郭靖，表示黄药师不是滥杀无辜之人，如今能不杀柯镇恶和全真教之人，说明他并非是杀害江南五怪得凶手，如今郭靖气怒之下不愿相信，始终将黄药师视为仇敌。
郭靖补上天罡北斗阵，联手全真七子向黄药师报仇，黄药师不惧几人，马钰质问黄药师可曾杀害谭师弟和周伯通师叔，黄药师不屑解释，郭靖却出面告诉众人谭道长死于欧阳锋之手，而周伯通也没有死。如今全真教与黄药师的仇也算了了，郭靖打算单独和黄药师算师父们的仇，黄药师并不承认杀了江南五怪，黄蓉来此为爹爹解释，她知道黄药师不会杀了江南五怪。洪七公出面劝说众人暂时休战，莫要让外人看中原武林的笑话。
洪七公不相信黄药师杀了江南五怪，劝说郭靖将此事查清楚，而黄药师也到此时才得知有人趁他不在桃花岛将江南五怪尽数杀了诬陷自己。完颜洪烈、欧阳锋带着杨康等人来到醉仙楼，丘处机要杀了杨康这个认贼作父之人，全真七子和欧阳锋相对，郭靖在黄蓉的有意激将之下，也下场同全真七子一同作战。杨康和王府四大高手联手对付柯镇恶，眼见柯镇恶受伤，黄蓉现身救下柯镇恶。
郭靖与欧阳锋对阵中途周伯通也赶来相助，周伯通看到欧阳锋欺负全真教师侄和郭靖，却不想欧阳锋压根不愿和他对阵，直接退场离开。随后完颜洪烈命令金兵围攻众人，大家只好暂时躲进醉仙楼。杨康逼迫郭靖交出武穆遗书，郭靖不愿连累大家，准备自己出去周旋，让马钰道长带着武穆遗书和大家离开此处。黄蓉不舍郭靖出去送死，全真教也愿意留下相助，黄药师索性提议和洪七公一同出去对阵，不想柯镇恶提出新的办法能救大家出去。
