孔慧媛是在和父亲分手后，被姜润城带人绑架的。
此时孙旻虎把孔慧媛带到杜正宇面前，吴正焕得意地要杜正宇放了吴景民。杜正宇却要他先放孔慧媛，并且告诉他，吴景民的心理医生文在雄就是预告杀人案的凶手，而孙旻虎早就知道，却向吴正焕隐瞒。
两方终于说好，孔慧媛和吴景民一同被放开，走向对方。等看到吴景民安全了，吴正焕突然变脸要手下去抓看起来单枪匹马的杜正宇。哪知突然从远处射来一串子弹，吓得打手们匆忙后退。原来那是药厂老头躲在高处开枪，他年轻时是军人，枪法很好。
吴正焕他们被镇住了，杜正宇则带着孔慧媛扬长而去。
李志旭来找杰米，给她看一份资料，上面是一位叫刘权的军长，当年他对白夜村事务介入得最深，但在惨案那天失踪了，没有死亡记录。
而李志旭又拿出一张照片，是白夜生物科技的前身白夜生命工学研究所开创时的合影，里面也有刘权。然后他告诉杰米，刘权的女婿就是吴正焕。
杰米用网络地图搜寻与文在雄几次见面的便利店周边，她判断文在雄可能就住在这一带，但一无所获。她来到特搜队，去发现里面人去楼空。她去找黄炳哲，他说特搜队已经决定解散，办公室要腾出来。
张志苑和尹硕弼也在等待分配中。杰米找到他们，仍然要与两个人合作抓罪犯。
在地下药厂，孔慧媛问杜正宇，招自己加入特搜队，是不是因为她的父亲？杜正宇回答说，最开始是，但现在不一样了。这时他突然发病晕倒，虽然很快缓醒过来，但知道自己时间不多了。
就在这时，武装军人突然进入地下药厂所在的建筑。孔慧媛这才检查自己身上，发现被人偷放了跟踪器。
军人投掷烟雾弹后进入地下药厂，却反被杜正宇利用烟雾的掩护，将他们一一放倒。然后和孔慧媛、老头逃走。孔慧媛问杜正宇，吴正焕为什么一定要抓他，杜正宇回答，因为我知道一个秘密。
他们去找那位女部长，一番斗嘴之后，杜正宇告诉了女部长自己掌握的案情，问她难道不该阻止一下？
女部长思考片刻后，问杜正宇，你想要我做什么？
文在雄要张龙植晚上九点把孙旻虎约来，这是不是要杀孙旻虎？
吴正焕身体的老化在加速，他再一次服药后，来到实验室找曹贤熙。曹贤熙则说实验还需要十四岁一下孩子的血清，不然连吴正焕现在吃的药都没办法生产。
吴正焕又对孔一道说了自己绑架孔慧媛换取吴景民的事，孔一道第一次对他产生了恐惧。
女部长这时接到了孙旻虎的电话，告诉她预告杀人的凶手约自己见面，可能杀他。女部长转头把这事告诉了杜正宇和孔慧媛。
李志旭在电视报道了白夜村是当年军方介入的人体实验项目。他的办公室随即搬空，节目也被停了。
杜正宇和孔慧媛又来到药厂老头的另一处地方，老头已经查到市郊有一家建筑购买了高容量的应急发电机，除非抢救要死的人才会买这种东西，秘密研究所应该就在这里。
杜正宇要孔慧媛去文在雄可能杀死孙旻虎的地方。他估计为了防止孙旻虎被杀，白夜财团方面的人应该会集中在那里。而他将趁机去那幢买高容量发电机的建筑，争取找出秘密研究所。
夜晚，杜正宇来到那幢建筑，走进地下层，发现里面有一大堆标示着不同年份的罐子。他打开一道门，走过里面长长的走廊，看到空空的病床，手术室，显然研究所已经转移，杜正宇痛苦而愤怒地喊叫起来。而这一切，都被曹贤熙用监控屏幕看到了，杜正宇也发现了正在工作的电脑摄像头。两个人通过镜头面对面，杜正宇关闭电脑。而这时那个吴正焕的一号打手出现，他刚在外面处理孩子的尸体，也是第一次知道这里是秘密研究所，但不知道研究所已转移去哪里。他带杜正宇看了孩子的尸体。
这时候杰米要尹硕弼帮忙搞到便利店附近的监控视频，搞到之后，发现文在雄进入了张龙植的网站大楼，决定去那里看看。
夜晚，孙旻虎来到网站大楼，女部长带警力监视着。
孔慧媛和杰米他们也来到大楼下面的停车场，在那里相遇。
九点快到了，房间里喝过酒的张龙植突然出现中毒反应，原来文在雄已经给他下毒，看着他毒发身亡。然后文在雄走出房间，却在外面被姜润城他们用麻醉飞镖射中倒地，将他带走。
女部长发现有车辆急速离开大楼，发现不对劲，急忙一边命人追车，一边自己进入大楼。
而这时孔慧媛、杰米他们找到了孙旻虎，却发现他安然无恙。接着女部长他们也来了。这时杰米从房间里的一张合影照片想起，张龙植就是帮助自己、杜正宇和文在雄逃走的大人。当年的张龙植不是实验对象，只是白夜村里面干杂活的。
警方继续搜查，发现张龙植已死。
这时文在雄也醒了，发现自己被铁链拴在墙上，吴正焕出现，张龙植生前也把文在雄的秘密都告诉了他，并且建议他抢先攻击文在雄。
姜润城给文在雄注射了药剂，待他晕过去后，从他的身上提取了血样，准备制作血清。但这时吴正焕他们头顶的灯光突然熄灭了，四周响起了杜正宇的声音，他被一号打手带了过来，将其他打手大都放倒。就在这时，曹贤熙出现，对杜正宇说，许久不见了，我的儿子。杜正宇一愣神的工夫，一号打手向他射出麻醉飞镖。原来这一切都是吴正焕他们策划好的。
