(大结局)
梁柳逃狱不舍儿进宫抢夺终伏法 皇甫谧编成医书飘然远去成传说
梁柳下了大狱，终于知道生命之可贵，不想就这样死去，恳求皇甫谧去找皇上求情，饶自己一命，不要让世代药家就这样断了传人。皇甫谧告诉梁柳，不要把自己想的太过重要，这天下不缺病人，也不缺大夫，无数辈人的经验积累，才有了如今的医书药典，并不会因为某个人或者医馆的存续就真的从此消失。梁柳知道自己必死，一时惊厥了过去，皇甫谧连忙施针帮他医治。
关在隔壁的司马魁看到皇甫谧随身带着银针，求他为自己扎针让自己速死，免得出去当街斩首不得全尸。皇甫谧告诉司马魁，自己是个大夫，只救人，不杀人。此时，李公公来狱中传旨，因为丽妃的求情，皇上改变了心意，赐下一杯毒酒，留了司马魁全尸。
梁柳看着没了希望，喃喃自语，不知道家中的老母该如何活下去。本来就病重时日无多，还要经历白发人送黑发人的心痛。皇甫谧去向王大人求情，王大人征得皇上的同意，把梁柳临时放了出来，在病床前伺候梁老夫人，直到她溘然长逝，由梁柳筹备丧事，完成葬礼。
李公公带兵在一旁等候，梁柳拜祭完母亲就宣布皇帝旨意，要梁柳自裁谢罪。没想到梁柳拿着用来自裁的匕首突然暴起伤人，打倒了士兵逃跑了。
李公公一看召集了，带人去追也没有找到梁柳的下落。皇上寿筵在即，李公公不敢这个时候去报告坏消息，想着梁柳最恨皇甫谧，想让皇甫谧用自己当饵，把梁柳找出来。香苓坚决反对，皇甫谧也告诉李公公，梁柳如今只想着逃出生天，不一定会来找自己，但是他知道梁柳一定会找一个人，只要李公公安排好，就一定能抓住梁柳。
梁柳偷偷潜入宫中，想让丽妃跟随自己一起出宫。丽妃进入冷宫之后开始反省之前所做种种，她告诉梁柳是他们做错了，应该留下来接受应有的惩罚。梁柳却不肯放弃自己的骨肉，要把孩子带走。丽妃无力阻止他一错再错，很是无奈。
皇上来看小皇子，正叫人把小皇子抱过来，梁柳突然从天而降，抢过了孩子就要跑，却被旁边的宫女拦住了。梁柳定睛细看，原来宫女打扮的居然是香苓。香苓和梁柳战在一处，终于把孩子抢了过来。梁柳在官兵合围之下也被杀身亡。皇上这时才知道梁柳逃跑，但是皇甫谧算准了他一定会来抢皇子，让李公公提前准备，这才能顺利让梁柳伏法。皇上再见香苓已经没有了之前的感觉，让她转告皇甫谧，自己欠了皇甫谧一个情。
香苓回到神针堂，发现皇甫谧又是一晚没睡，抓紧在写医书，很是担心他的身体。皇甫谧却借口自己是帝王纪事写累了，改写医书换换脑子。香苓无计可施。
皇帝大寿在即，皇上却因为司马魁之死心情并不太好，不想大摆宴席，让百官不可铺张浪费。李公公给皇上看寿筵当晚安排的表演，除了歌舞，重要的就是皇甫谧当庭诵读帝王纪事了。皇上怕皇甫谧又出问题，派了一队士兵保护神针堂，让皇甫谧不要受干扰，好好写书。
皇甫谧身体疲惫却精神亢奋，他终于集合了半部《青囊经》，师傅的《红囊经》，还有英慧在西域找到的外伤麻醉和草春堂的药典，还有皇甫谧自己研究出来的一阵通三络，写完了整本医书。云婉让皇甫谧给医书取个名字，皇甫谧准备命名为黄帝针灸甲乙经。云婉听这个名字觉得和自己听过的另一个名字很是相似，就告诉了皇甫谧，皇甫谧这才知道，原来传说中的黄帝阴阳五行图正在宫中，就在御书房。英慧在宫里也曾去找过这个图谱但是没有找到。皇甫谧一听更需要进宫一趟了，因为五行图把人的穴位都标了出来，让后人可以按图索骥，对针灸的学习大有用处，比写一万个病例还有价值。
皇甫谧把写好的医书交给香苓保管，让她答应自己，不管发生什么事，都要让这些医书流传下去。香苓觉得皇甫谧的态度很奇怪，追问他缘由。大师兄此时赶来让他们回神针堂看看。神针堂来了许多士兵，说是皇上吩咐来保护皇甫谧写书的，等皇甫谧完成书稿，皇上寿诞之时，就把皇甫谧送进宫去。皇甫谧终于瞒不下去，对大家说了实话。香苓这才知道，皇甫谧不肯更改帝王纪事，到时候不交书是死，交了皇上不满意，还是死。大师兄和香苓知道皇甫谧不说出来是不想大家担心，但是这样以来，也让大家无法与皇甫谧一起承担。大家纷纷出主意，不能这样坐以待毙。商量之后，皇甫谧决定皇上寿筵当日逃走。
到了寿筵当天，皇甫谧随士兵进宫，香苓大师兄他们随即带着包袱离开。大师兄去投奔封衡师祖，香苓则在约定地点和皇甫谧汇合。
皇甫谧进了宫，皇上给他准备了房间换衣服参加寿筵，诵读《帝王纪事》。皇甫谧打发走士兵，溜到御书房开始找五行图。
皇上等着皇甫谧来献书贺寿，云婉帮皇甫谧找了很多借口拖延时间，终于等不下去了，云婉替皇甫谧参加了寿筵，朗读了《帝王纪事》的前序。
皇甫谧找到了五行图赶紧预备出宫，到了宫门口却被士兵拦住。他借口有东西忘在了神针堂要回去拿。香苓不放心来到宫门口等皇甫谧，见他被人阻拦，直接出手救走了皇甫谧。
看门士兵不敢怠慢，连忙回报皇上，皇上很是生气，云婉告诉皇上，皇甫谧走前留了东西在御书房。皇上看到了一本和之前一字不变的《帝王纪事》，还有一本皇甫谧集合基本医书和自己的经验，写出的《黄帝针灸甲乙经》。皇上拿着两本书，想想自己与皇甫谧的种种纠葛，不由慨然一叹，仰天大笑了起来。
皇甫谧和香苓从此归隐山林，过上了梦想中的田园生活。而他们行医治病的事迹，永远在民间流传。
(全剧完)
